公元305年，八王之乱以司马越的胜利宣告结束，同时司马越起用琅琊王司马睿，命留守下邳，看管后方。司马睿受命后，拜重臣王导为司马，委以重任。两年后，司马睿和王导渡江到建邺。随着永嘉之乱的爆发，晋王朝的政治中心，逐渐向南迁移。

政权东迁

公元316年，刘曜围攻长安，晋愍帝司马邺出城投降，西晋宣告灭亡。第二年，司马睿自立为晋王，但没有称帝，建立东晋。公元318年4月，晋愍帝死于汉国的讣告传到江东，司马睿才登基称帝，史称晋元帝。东晋主要占据在长江中下游以及淮河、珠江流域地区。

司马睿即位后，在皇族中声望不够，势单力薄，得不到南北士族的支持，皇位不稳。但他重用了王导。王导四处游说，让南方士族支持司马睿，北方南迁的士族也决定拥护司马睿，东晋政权才得以稳定，维持了偏安一隅的局面。司马睿十分感激王导，拜任他为宰相，执掌朝政。时人称当时的东晋是“王与马，共天下”。

司马睿完全信任王导，称他为“仲父”，把他比作自己的“萧何”。王导也经常劝谏司马睿克己勤俭，优待南方士民，与人为善。琅琊王家也达到了权势的高峰，除了王导担任丞相外，王敦控制着长江中游的军队，兵强马壮；四分之三的官员都是王家的子弟或者与王家相关的人。大权旁落也逐渐引起司马睿的不满，司马睿开始任用刘隗、戴渊等人为心腹，试图压制王氏家族。

王氏掌权

公元322年，野心勃勃的王敦以清君侧，诛杀刘隗为借口，在武昌起兵，攻打建康。王导了为保全王氏家族利益，暗地里帮助王敦。王敦攻入建康，杀诛戴渊等人，刘隗投奔了石勒。晋元帝司马睿在这场政治斗争中一败涂地，司马睿无奈地对王敦说：你如果想当皇帝，我把皇位让给你，我还当我的琅琊王去。

司马睿近似哀求的话，并没有抚平王敦的野心。不久，王敦自己给自己加官进爵，自封为丞相，加封武昌郡公，食邑万户。司马睿这个皇帝徒具虚名，朝中任何事情都由王敦做主。王敦看到太子司马绍有勇有谋，担心以后无法控制，想用废掉太子，后来因为百官誓死不从而作罢。王敦回师武昌，远程遥控东晋朝政。司马睿和他的朝廷几乎成了摆设。

司马睿自知无法动摇王氏的权势，自己名为天子，号令却连宫门都传不出去，渐渐忧愤成病，卧床不起。公元323年1月，晋元帝司马睿忧愤病逝。终年47岁，在位6年。留下遗诏，让太子司马绍继位。

流水君王

皇太子司马绍登基，史称晋明帝。册立庾文君为皇后。晋明帝司马绍致力于和王敦的政治斗争，王敦虽然人在武昌遥控朝廷，但私下里积蓄力量，图谋篡位，并让晋明帝下旨，征召自己入朝，晋明帝一边积极准备建康城的防护，一边下旨让王敦到建康来，伺机诛杀王敦。王敦的军队在建康城外，被晋明帝率军击败，王敦的叛乱最终被平定。自此也消除了王敦的琅琊王氏宗族，占据各州，凌弱皇室的失衡局势。

然而，仅仅过了三年，晋明帝司马绍突然病逝，享年28岁，晋明帝驾崩，由太子司马衍继位，史称晋成帝。司马衍即位时，年仅5岁，由于司马衍年幼，由皇太后庾文君临朝听政。司徒王导和中书令庾亮共同辅佐朝政。

公元342年六月，晋成帝突然感到身体不适，自知时日无多，立即下诏让他的弟弟琅琊王司马岳继承帝位。两天后，晋成帝驾崩，年仅22岁。

晋成帝之所以将皇位传给弟弟司马岳，那是因为晋成帝的两个儿子，司马丕和司马奕尚在襁褓之中，而外戚集团在朝中执政已久，加上外敌环伺，晋成帝决定让年纪稍长的弟弟，司马岳继承皇位。

司马岳即位，史称晋康帝，封晋成帝的两个儿子分别为琅琊王和东海王。晋康帝在朝中势单力薄，没有根基，委托庾冰、何充处理政务。晋康帝在位仅仅两年，就在宫中驾崩，年仅23岁，晋康帝的长子，太子司马聃继位。

年仅两岁的司马聃荣登大宝，史称晋穆帝。司马聃年幼，所以由褚太后执掌朝政，何充继续辅政。公元346年，东晋王朝，先后两次出兵北伐，企图夺回北方故地，都没能成功。此时的中原，五胡乱华，连年混战，社会已经残败不堪。

直到公元354年，太尉桓温北伐关中，大败前秦。桓温还消灭了在四川立国的成汉，并且在公元356年时夺回洛阳，虽然不久后，就因为粮草不继而退兵，但东晋的版图得到一定的扩大。

公元361年五月，晋穆帝司马聃病重，年仅19岁就在宫中驾崩。晋成帝的儿子司马丕继承帝位。史称晋哀帝。

晋哀帝继位后，实行仁政，减轻百姓赋税，自己也亲自到农田劳动，大力发展农业，然而晋哀帝喜欢长生不老的道术，按照道士传授的长生方法，不吃饭，只服用丹药，结果长期服药，导致毒性堆积，无法上朝听政，褚太后临朝摄政。手握兵权的桓温野心渐渐暴露。

不久后，公元365年，晋哀帝司马丕毒发身亡，在位3年，终年25岁。因为晋哀帝没有子嗣，褚太后下旨，让晋哀帝的弟弟，琅琊王司马奕继承帝位，当时的东晋朝廷，桓温掌握朝政，桓温有意废掉司马奕自立为皇帝，但司马奕本身没有过失，桓温抓不到任何司马奕的把柄。

桓楚崭露头角

公元371年，桓温竟然说司马奕没有生育能力，后宫生的三个儿子可能不是皇帝的儿子，桓温借此逼迫褚太后下诏废除司马奕。并派手下进宫收缴国玺，逼司马奕离开皇宫。司马奕穿着单衣走出宫门，群臣哭着拜别。桓温命部下带领数百士兵押送司马奕回到原来的东海王府。

司马奕回到封地，为了保住性命，谢绝所有前来拜访的门客，小心谨慎地生活度日，尽量避免遭到怀疑。本想韬光养晦，但桓温肆意屠杀和司马奕来往的名士，朝中也没人敢和司马奕联系，司马奕自知复辟无望，整天在家沉迷于酒色，不问世事，总算避免了杀身之祸。

大司马恒温赶走司马奕的同时，率领百官到会稽王府迎接司马昱，司马昱早在晋穆帝时期，就是辅政大臣，官拜丞相，位高权重，是桓温的顶头上司，桓温对司马昱毕恭毕敬。而晋穆帝和晋哀帝都英年早逝，司马奕在位时，司马昱回到自己的封地会稽。朝中的政务全由桓温掌握。

桓温迎立司马昱为帝，史称简文皇帝，而司马昱在朝中已经没有任何实权，司马昱尽管是皇帝，但东晋的绝对权力全部掌握在桓温手中，司马昱常常害怕自己会被废黜。看着自己曾经的下属，在朝中作威作福，自己堂堂一国之君，却没有半点实权，渐渐心生愤恨，积怨成疾。公元372年9月，司马昱病重，召桓温入朝辅政，想乘机除掉桓温，连发四道诏令，桓温都推辞不去。

司马昱在临终前写下了遗诏，要桓温效仿周公摄政，辅佐太子司马曜，并说，如果桓温不想辅佐，可以自立为帝。然而诏书被王坦之当着司马昱的面撕毁，王坦之义正言辞地说：晋室天下，是宣帝司马懿和元帝司马睿建立的，不能让司马昱独断独行，毁掉晋王朝！司马昱于是让王坦之改写遗诏，命桓温为辅政大臣，辅佐年仅10岁的太子司马曜。

桓温看到诏书后，不免有些失望。司马昱当天就在宫中驾崩，享年五十三岁，在位不到两年。当时的晋王朝，桓温虽然权势滔天，但朝中有王谢两大士族主持朝政，和桓温形成了两大政治集团，桓温不敢自立也是因为对王谢两家有所忌惮。

司马曜即位后一年，桓温病重逝世，桓温的弟弟桓冲继续专权，手握重兵。王坦之和谢安因为拥立司马曜有功，得到加封，王谢两家执掌朝政，和桓氏家族形成内外对立。公元376年，谢安官拜宰相，谢安开始发展自己的军事力量，让自己的儿子兼任兖州和徐州两州的刺史，驻军在镇江，又称北府。谢玄在此期间，招募大量武将，名士，整合流民，组建以流民为主的，赫赫有名的北府军。北府军势力强劲，不仅巩固了谢氏家族的势力，更为东晋王朝的存续提供了保障。

淝水之战

司马曜登基以来，东晋饱受氐族政权前秦的袭扰，公元373年，前秦大将苻坚相继灭掉前凉、代国，完成了对中国北方的统一，对东晋的觊觎之心更加强烈。秦晋交界的江淮一带形势非常紧张，大战一触即发。

公元378年四月，前秦派苻丕攻打襄阳，荆州方面的桓冲展开防守反击，孝武帝司马曜命谢玄率领北府军支援桓冲。 此次出兵，是北府军的第一次出征，长江上下游的桓谢两军相互配合，彼此策应，共同抵挡前秦大军，同年七月，秦军也采取东西策应的战略，派出彭超攻打彭城，和攻打襄阳的苻丕相互策应。

东晋在下游的徐州一带，开始受到强大的压力。第二年正月，襄阳失守，彭城、下邳、淮阴、盱眙也先后被前秦攻破，形势对东晋极其不利。六月，北府军打败秦军，北府兵打了胜仗，士气高涨，前秦势力被阻挡在淮北。而西线的局势仍然不容乐观。

公元380年，前秦爆发了内部叛乱，苻坚忙于平叛，无暇南征。经过了一年的平叛，前秦的苻坚再次决定南征东晋，召集群臣商议，群臣大多反对，强调谢安和桓冲都是名门之后，君臣和睦，内外同心，不易攻破 ，然而苻坚志在必得，一意孤行，甚至已经安排好了让孝武帝做自己的随从，让谢安做吏部尚书，桓冲做侍中，还在长安给他们修好了府邸。

公元383年五月，桓冲率领十万大军反攻襄阳，前秦派苻睿率领五万人来救襄阳，这是桓冲在淝水之战前夕，为了减轻京都建康的压力而采取的一次大规模策应行动，让苻坚南征的军队疲于奔波，赶来救援襄阳。

谢玄此时也派部下刘牢之率军攻打寿阳，来为攻打襄阳的桓冲军声援，显示出大敌当前，东晋内部桓谢两家的团结。八月，前秦苻坚下诏大举攻晋，试图统一中国，淝水之战终于爆发。

苻坚亲率步兵60万、骑兵27万、禁卫军3万，共90万大军从长安南下，绵延数千里，水陆并进，运粮的船只就有万余艘。同时，苻坚又命裴元略率水师7万从巴蜀顺流东下，向建康进军。苻坚还骄狂地宣称：“以吾之众旅，投鞭于江，足断其流。”这就是著名典故“投鞭断流”的来历。

东晋能够北上抗击秦军的总兵力只有8万，在谢安的主持下，任谢石为大都督，谢玄为前锋，北府军为主力，前往迎战。

秦军前锋苻坚的弟弟苻融，率领30万大军先一步到达颍口，攻占寿阳，秦军初战告捷。同时还截断了东晋派来的救援军队的退路，并把晋军团团包围。苻坚接到捷报大喜，亲自带着轻骑八千赶到寿阳，竟然派在襄阳俘获的东晋将领朱序，去劝降晋军。朱序心怀故国，对秦军痛恨之至，把秦军的部署和盘托出，建议晋军趁秦军还没有完全集结完毕，迅速出击。

大都督谢石本打算坚守不战，听了朱序的话后，改变了作战方针，决定主动出击。同时，谢玄派刘牢之率精兵五千强行渡过洛涧，去攻打秦军的5万人马，刘牢之大获全胜，斩杀秦军将领10余人。 洛涧之战让晋军信心倍增，谢石挥军向西，水陆并进，直抵淝水东岸，在八公山边扎下大营，和寿阳的秦军隔岸对峙，八公山上，草木皆兵也是出自此处。

谢玄自知双方实力悬殊，形势上又不容许晋军旷日持久地打消耗战，于是派使者去秦营，要和苻坚决一死战。苻坚表面上答应谢玄，让军队后退几里，空出决战的场地，实际上想要等晋军渡河一半时，用骑兵进行冲杀，拿下这场战争的胜利。

结果秦军刚一后撤就失去控制，阵脚大乱。谢玄率领八千骑兵趁势抢渡淝水，向秦军发动猛攻。在秦军大营的朱序，趁乱喊道：秦军败了！秦军败了！ 秦军有很多人又是强征入伍，并且本就是多个民族组成，大军心怀异志，人心不稳，经过朱序这一喊，以为真的败了，军中更加慌乱，争相逃命，秦军几十万军队丢盔弃甲，四散溃逃。

谢玄率军乘胜追击，秦军名将苻融战死，苻坚受了箭伤，单骑北逃，朱序乘乱投奔晋军，东晋因此获得了淝水之战的胜利。而淝水之战也是中国历史上以少胜多、以弱胜强的著名战例之一。

淝水之战后，东晋趁北方大乱，收复了巴蜀及山东和河南大片土地，晋军也一直打到黄河北面的邺城。后来，因为翟魏、西燕、后燕等胡族政权的反攻，加上东晋朝廷的内斗，收复的淮北土地，等孝武帝司马曜末年时，又几乎丧失殆尽。

谢氏专权

淝水之战的胜利延续了东晋王朝的命脉，但内部的权力结构也发生了微妙的变化，孝武帝司马曜任胞弟琅邪王司马道子为尚书，开始对谢安进行分权。谢氏家族主导了淝水之战的胜利，却遭遇到功高不赏的窘境。司马道子代表的司马氏宗亲向士族发起了挑战。谢安是个有名士情结的人，不愿争权夺利，于是作出让步。公元384年自请北征，在第二年八月，因病去世。

司马道子顺理成章地掌管了军政大权。随着谢安的离世，谢玄也遭到排挤。公元387年正月被解除兵权，一年后去世，他所管辖的徐青兖三州，也被司马道子和谯王司马恬瓜分。谢氏家族政治统治时期，就此落下帷幕，晋孝武帝也完成了皇权的收回。

皇权回归

尽管孝武帝实现了亲政，但他显然不是一位合格的君主。孝武帝和司马道子一起沉迷酒色，把宫廷搞得乌烟瘴气，同时又信奉佛教，宠信僧尼，朝政日益昏暗。然而，在饮酒作乐的表象下，司马氏兄弟之间却潜藏着深刻的矛盾，形成“主相相持”局面。

司马道子成为宰相后，权势越来越大，主相之间的矛盾逐渐公开化，与此同时，荆州刺史桓石民和谯王司马恬相继死去，对上江上下游的军权争夺，成为了主相相持的焦点。江陵和京口分别被皇权方面的王忱和王恭所得，宰相司马道子任命庾楷为豫州刺史。

随着王忱的去世，司马道子想将江陵等地规划到自己手中，孝武帝怎么会让荆州这块肥肉让给司马道子，他迅速采取行动，任命心腹近臣殷仲堪为荆州刺史。与此同时，孝武帝还任命郗恢代替病退的朱序为雍州刺史，镇守襄阳。透过这一系列的人事变动，孝武帝在主相相持中占了上风。

死于戏言

有一天，孝武帝在后宫和张贵人一起喝酒。孝武帝喝多了，对张贵人开玩笑说：你年近三十，美色大不如前，又没生孩子，白占着一个贵人的名位，明天我就废了你，另找个年轻貌美的姑娘。张贵人听了后内心妒火中烧，烂醉如泥的孝武帝毫无察觉，玩笑越开越厉害，张贵人脸上阴晴不定，心中起了杀意。她先让孝武帝身边的宦官们也都通通喝醉，等孝武帝和宦官们全都醉倒睡去后，张贵人召来心腹宫女，趁着孝武帝熟睡，用被子把睡梦中的孝武帝给活活捂死了。

随后，张贵人谎称皇帝在睡梦中悄然驾崩。当时司马道子也终日声色犬马，由儿子司马元显执政，这对父子对孝武帝的死求之不得，竟然赦免张贵人不予追究。 皇太子司马德宗即位，史称晋安帝，晋安帝智力残疾，不通世事，自然不会追究父皇的死因。

宫中从此谣言四起，都认为孝武帝的死，很可能是司马道子父子及王国宝等人策划的阴谋。

公元396年，愚笨的晋安帝司马德宗继位后，东晋皇帝的权力大大下降，在外的将军不受君命，纷纷拥兵自立，朝内的权力也落到了司马道子父子手中。

公元397年到公元400年期间，各地不断发生起义叛乱，江浙一带的孙恩，叛军最多。起义军又经过两年的发展和征战，势力庞大，直接威胁到国都建康，公元402年，建康城被孙恩率军包围，晋军奋起反抗，孙恩战败身亡。

桓楚政权

同年夏天，桓玄又在江陵起兵攻入建康，诛杀了司马道子父子，自封为丞相。到了秋天，桓玄自号楚王，最后在公元404年1月篡位称帝，改国号为楚。又称桓楚。

公元404年3月，晋安帝逃到浔阳，大将刘裕举兵攻打桓玄，桓玄大败，俘虏了晋安帝回到江陵。不久后，桓玄被刺杀，晋安帝得以复国。但好景不长，桓楚的将军桓振又攻陷江陵，晋安帝再次被俘。直到公元405年，晋安帝才被刘裕救出，公元409年刘裕开始北伐，攻打南燕，俘虏南燕皇帝慕容超，灭掉南燕，占领山东等地。

刘裕簒晋

从公元412年开始，刘裕在朝中独掌大权，排挤和迫害与他不和的大臣，公元415年，荆州刺史司马休之和雍州刺史鲁宗之举兵讨伐刘裕，但被刘裕大败。公元417年，刘裕再次北伐，攻入长安，回朝后被封为宋公。

公元419年，早已经有心自立的刘裕，派王韶之刺杀了晋安帝司马德宗，晋安帝死时年仅37岁，浑浑噩噩做了23年皇帝。死后由弟弟司马德文继位，史称晋恭帝。

晋恭帝司马德文即位的第二年，刘裕认为时机成熟，命傅亮草拟好禅位的诏书，自己带着诏书入宫，逼迫司马德文抄写诏书，并按诏书下旨。司马德文欣然接受，拿笔就抄，还对左右说：桓玄篡位时，晋王室就已经失去天下了，因为有宋公刘裕，才延续了将近二十年的国祚。今天禅位给宋公，都是我心甘情愿的。

两天后，司马德文退居到琅邪王府，百官向晋帝告别，东晋至此灭亡。